종부세 합산배제의 함정? 2026년 주택임대사업자 부활 전망 및 '이중 등록' 필수 체크

 

혜택은 줄고 의무만 늘어서 화나시죠? 서울에 거주하며 지방 소도시와 수도권 외곽에 소형 아파트 2채를 갭투자로 사둔 40대 다주택자라면, 집값이 안 올라서 팔지도 못하는데 종부세가 걱정되실 겁니다. 임대사업자를 낼까 고민 중이시죠? 많은 다주택자가 구청에 임대사업자 등록만 하고 세무서 사업자 등록을 안 해서 종부세 폭탄을 맞습니다. 이건 세무사도 가끔 놓치는 실수입니다. 이 '더블 체크' 포인트를 짚어야 합니다. 그리고 10년 동안 못 파는 리스크와 종부세 절세액을 저울질해야 합니다.

임대사업자 등록증만 믿고 있다가, 세무서 사업자 등록 누락으로 수천만 원의 종부세 고지서를 받고 나서야 땅을 치고 후회하는 경우가 매년 발생합니다. 렌트홈(지자체) 등록 후 '사업자등록증 신청' 버튼을 누르지 않아 세무서 등록이 누락되는 실수가 가장 빈번합니다. 반드시 렌트홈 승인 문자를 받은 후 홈택스나 세무서 민원실을 통해 '면세사업자 등록'을 마쳐야만 종부세 합산배제 신청 자격이 완성됩니다. 주택임대사업자는 정부와 맺는 '10년 노예 계약'입니다. 혜택(세금 감면)과 의무(임대료 제한/기간 준수)의 무게를 냉정하게 비교해야 합니다.

2026년 다주택자의 피난처, 임대사업자 등록이 답일까?

"집은 못 팔리는데 세금만 나가요." 2026년 부동산 시장은 거래 절벽과 보유세 부담이 동시에 엄습하고 있습니다.

2026년 임대사업자 시장 전망

국토부 등록 현황 데이터를 보면, 2017~2018년 폭발적으로 늘어난 민간 임대주택이 8년 의무임대기간을 채우고 시장에 풀리고 있습니다.

8년 만기 물량 폭발

• 2017~2018년 등록: 약 60만 호 추정
• 2025~2026년 의무기간 만료
• 매도 가능 물량 급증

정부 정책 변화 가능성

• 8·8 부동산 대책: LH 매입임대 11만 호 공급
• 소형 아파트(85㎡ 이하) 임대사업자 혜택 확대 논의
• 종부세 합산배제 기준 완화 (2025년 시행)

기획재정부 정책 동향을 보면, 2025년부터 민간임대주택 종부세 합산배제 공시가격 요건이 완화됐습니다.

구분	2024년 이전	2025년 이후
건설형 임대주택	9억 이하	12억 이하
매입형 임대주택	6억 이하	9억 이하

매입형 임대주택 기준이 6억 → 9억으로 완화되어, 더 많은 주택이 합산배제 혜택을 받을 수 있게 됐습니다.

임대사업자 등록의 득과 실

혜택 (득)
✅ 종부세 합산배제 (주택 수에서 제외)
✅ 재산세 25~50% 감면 (일부 지자체)
✅ 양도세 장기보유특별공제 추가 (최대 70%)
✅ 취득세 감면 (일부 조건)

의무 (실)
❌ 10년 의무 임대 (매도 불가)
❌ 임대료 증액 제한 (연 5%)
❌ 표준임대차계약서 사용 의무
❌ 의무 위반 시 과태료 + 감면 세액 추징

주택임대차보호법 규정에 따르면, 의무를 위반하면 과태료 최대 3,000만 원과 그동안 감면받은 세액 전액 추징이라는 이중 처벌을 받습니다.

[주의] 구청 등록만 하면 꽝! 세무서 '이중 등록'의 비밀

세무 전문가들의 리스크 분석은 명확합니다. 이중 등록이 필수입니다.

이중 등록이란?

① 지자체 등록 (렌트홈)

• 관할 구청/시청에 '민간임대주택' 등록
• 렌트홈 온라인 신청 또는 방문 신청
• 등록 후 '임대사업자등록증' 발급

② 세무서 등록 (홈택스)

• 관할 세무서에 '사업자등록' 신고
• 업태: 부동산임대업
• 사업장: 임대주택 소재지

두 등록 모두 완료해야만 종부세 합산배제 신청 자격이 생깁니다.

왜 이중 등록이 필요한가?

지자체 등록만 한 경우

• 임대사업자 등록증은 발급됨
• 하지만 종부세 합산배제 불가
• 국세청이 사업자등록 여부를 확인하기 때문

세무서 등록만 한 경우

• 사업자등록증은 발급됨
• 하지만 임대사업자 혜택 불가
• 지자체 등록이 없으면 '임대주택'으로 인정 안 됨

임대사업자 커뮤니티의 주요 이슈를 보면, "렌트홈 등록만 하고 세무서 등록을 안 해서 종부세 고지서를 받았다"는 사례가 매년 반복됩니다.

이중 등록 절차 (단계별)

STEP 1: 렌트홈 등록 (지자체)

① 렌트홈 접속
② 회원가입 후 로그인
③ '민간임대주택 등록 신청' 클릭
④ 주택 정보 입력 (주소, 면적, 임대료 등)
⑤ 필요 서류 첨부

• 건물등기부등본
• 주민등록등본
• 표준임대차계약서
  ⑥ 신청 완료 (검토 기간 7~14일)
  ⑦ 승인 문자 수신 → 임대사업자등록증 발급

STEP 2: 세무서 등록 (홈택스)

① 국세청 홈택스 접속
② 신고/납부 → 사업자등록 신청
③ '면세사업자' 선택 (주택임대는 부가세 면제)
④ 사업장 정보 입력

• 사업장: 임대주택 소재지
• 업태: 부동산 임대업
• 종목: 주택 임대업
  ⑤ 첨부 서류
• 임대사업자등록증 (렌트홈 발급분)
• 임대차계약서 사본
  ⑥ 신청 완료 (즉시 발급)
  ⑦ 사업자등록증 출력

STEP 3: 종부세 합산배제 신고 (9월 16~30일)

① 홈택스 접속
② 신고/납부 → 종합부동산세
③ '합산배제 신고' 선택
④ 임대주택 정보 입력
⑤ 첨부 서류

• 임대사업자등록증
• 사업자등록증
• 임대차계약서
  ⑥ 신청 완료

주의: 9월 16~30일을 놓치면 그 해 종부세는 합산 과세됩니다. 다음 해 9월에 다시 신청해야 해요.

자주 하는 실수

실수 1: 렌트홈 등록만 하고 세무서 등록 누락

• 가장 흔한 실수
• 렌트홈 승인 후 반드시 세무서 등록 진행

실수 2: 세무서 등록 시 '과세사업자'로 신청

• 주택임대는 면세사업자
• 과세사업자로 신청하면 부가세 신고 의무 발생

실수 3: 관할 세무서를 잘못 선택

• 사업장 주소: 임대주택 소재지 (내 거주지 ❌)
• 예: 서울 거주, 경기 고양 임대 → 고양세무서에 등록

실수 4: 9월 합산배제 신고 기간 놓침

• 매년 9월 16~30일 (15일간)
• 캘린더에 저장 필수

종부세 합산배제 요건 완벽 정리 (공시가 9억/3억 기준)

주택임대차보호법과 종합부동산세법을 종합하면, 다음 요건을 모두 충족해야 합니다.

필수 요건 4가지

① 이중 등록 (지자체 + 세무서)

• 렌트홈 + 홈택스 모두 완료
• 각각 등록증 발급받아야 함

② 공시가격 기준

• 수도권: 9억 원 이하 (2025년 완화)
• 비수도권: 3억 원 이하
• 등록 당시 또는 최초 합산배제 신고 연도 기준

③ 지역 제한 (2018년 9월 13일 이후 취득분)

• 비조정대상지역 주택만 가능
• 조정대상지역 주택은 합산배제 불가
• 단, 조정지역 해제 후에는 가능

④ 의무 준수

• 의무임대기간: 10년
• 임대료 증액 제한: 연 5%
• 표준임대차계약서 사용

공시가격 기준 상세

2025년 개정 (완화)

구분	2024년 이전	2025년 이후
수도권 매입형	6억 이하	9억 이하
비수도권 매입형	3억 이하	3억 이하
수도권 건설형	9억 이하	12억 이하

주의: 등록 당시 공시가가 기준입니다. 등록 후 공시가가 올라도 소급 적용 안 됩니다.

예시

• 2024년 등록: 공시가 5억 (6억 이하 ✅)
• 2025년 공시가: 7억 (기준 초과)
• 결과: 2025년부터 합산배제 불가

합산배제 신청을 했더라도 추후 공시가 상승으로 기준 금액(9억/3억)을 초과하게 되면 소급하여 배제되는 것이 아니라 '그 해부터' 혜택이 사라진다는 점을 유의해야 합니다.

조정대상지역 제한

2018년 9월 13일 기준

• 이전 취득: 조정지역이어도 합산배제 가능
• 이후 취득: 비조정지역만 합산배제 가능

조정지역 해제 시

• 취득 당시 조정지역이었어도
• 비조정지역으로 해제되면
• 그 이후부터 합산배제 가능

예시

• 2020년 취득: 경기 광명 (당시 조정지역)
• 2022년 해제: 광명 비조정지역 전환
• 2023년 등록: 합산배제 가능

2026년 현재 대부분의 지방과 수도권 일부가 비조정지역으로 해제되어, 합산배제 가능 물량이 크게 늘었습니다.

혜택 뒤에 숨겨진 칼날: 5% 증액 제한과 10년 의무 기간

등록하면 무조건 좋다? 의무 기간 위반 시 과태료(3천만 원)와 감면 세액 추징이 더 무서울 수 있습니다.

의무 1: 10년 의무 임대

기간 계산

• 최초 임대 개시일로부터 10년
• 중간에 매도 불가
• 임차인 교체는 가능 (공실 기간 포함)

위반 시 처벌

• 과태료: 최대 3,000만 원
• 감면받은 세액 전액 추징
• 가산세 추가

예시

• 2020년 등록 → 2030년까지 의무
• 2025년 매도 → 위반
• 처벌: 과태료 3천만 원 + 종부세·재산세 감면액 추징

의무 2: 임대료 증액 제한 (연 5%)

증액 제한

• 전 임대료 대비 5% 이내
• 매년 적용 (누적 아님)

계산 예시

• 초기 임대료: 월 100만 원
• 1년 후 인상: 105만 원 (5% ✅)
• 2년 후 인상: 110만 2,500원 (5% ✅)

위반 시 처벌

• 과태료: 최대 1,000만 원
• 임대사업자 등록 취소
• 종부세 합산배제 소급 취소

의무 3: 표준임대차계약서 사용

의무 사항

• 국토부 지정 '표준임대차계약서' 사용
• 렌트홈에서 다운로드 가능
• 계약 체결 후 30일 이내 등록

위반 시 처벌

• 과태료: 최대 500만 원

의무 4: 부기등기

부기등기란?

• 등기부등본에 '임대주택' 표시
• 매수자에게 임대 의무 승계 공시

신청 방법

• 임대사업자 등록 후
• 등기소 방문 또는 온라인 신청
• 수수료: 약 3~5만 원

미신청 시

• 과태료: 최대 500만 원

9월 합산배제 신고 기간, 놓치면 1년 농사 망친다

국세청 과세 절차를 보면, 종부세는 6월 1일 기준으로 보유한 주택을 합산하여 과세합니다.

신고 기간: 매년 9월 16~30일

신고 대상

• 임대사업자 등록 완료자
• 당해 연도 6월 1일 기준 보유

신고 방법
① 홈택스 로그인
② 신고/납부 → 종합부동산세
③ '임대주택 합산배제 신고'
④ 주택 정보 입력
⑤ 제출 서류 첨부
⑥ 신고 완료

제출 서류

• 임대사업자등록증 (렌트홈 발급)
• 사업자등록증 (세무서 발급)
• 임대차계약서 사본
• 임대료 입금 증빙 (통장 사본)

신고 기간을 놓치면?

그 해 종부세는 합산 과세

• 임대주택도 일반 주택으로 과세
• 합산배제 혜택 없음

예시

• 2026년 9월 신고 누락
• 2026년 12월: 종부세 고지서 (합산 과세)
• 2027년 9월: 다시 신청 가능 (2027년분부터 적용)

주의: 신고 기간이 15일밖에 안 되니, 캘린더에 저장하세요.

신고 시 주의사항

주의 1: 공시가 기준 확인

• 등록 당시 또는 최초 신고 연도 공시가
• 수도권 9억, 비수도권 3억 이하

주의 2: 조정지역 여부 확인

• 2018년 9월 13일 이후 취득분
• 비조정지역만 가능

주의 3: 의무 준수 여부

• 10년 의무 임대 준수 중
• 임대료 5% 증액 제한 준수

주의 4: 이중 등록 완료

• 렌트홈 + 세무서 모두 등록
• 각각 등록증 발급 확인

득과 실 비교: 임대사업자 등록, 해야 할까?

세무 법인의 시뮬레이션 결과를 보면, 다음 기준으로 판단하세요.

시나리오 1: 공시가 8억 수도권 아파트 (2주택자)

전제

• 보유: 서울 1채 (12억) + 경기 1채 (8억)
• 경기 주택: 비조정지역
• 종부세 (등록 전): 연 300만 원

임대사업자 등록 시

• 경기 주택: 합산배제
• 서울 주택만 과세 (1주택자 간주)
• 종부세 (등록 후): 연 50만 원
• 절세액: 250만 원/년

10년 총 절세액

• 250만 × 10년 = 2,500만 원

비용

• 등록 비용: 약 50만 원
• 부기등기: 약 5만 원
• 합계: 약 55만 원

손익

• 절세액 - 비용 = 2,500만 - 55만 = 2,445만 원 이득

결론: 등록 추천

시나리오 2: 공시가 10억 수도권 아파트 (기준 초과)

전제

• 공시가: 10억 원 (수도권 기준 9억 초과)
• 합산배제 불가

결론: 등록 불가 (요건 미달)

시나리오 3: 공시가 5억 조정지역 아파트 (2020년 취득)

전제

• 2020년 취득: 조정지역
• 현재: 여전히 조정지역
• 합산배제 불가

결론: 등록 불가 (조정지역 제한)

단, 조정지역 해제 시 등록 가능

시나리오 4: 5년 내 매도 계획 (단기 보유)

전제

• 공시가 7억 수도권 아파트
• 3년 후 매도 계획

등록 시

• 10년 의무 기간
• 3년 후 매도 → 위반
• 과태료 3천만 원 + 세액 추징

절세액 vs 과태료

• 3년 절세액: 250만 × 3 = 750만 원
• 과태료 + 추징: 3,000만 + 750만 = 3,750만 원
• 손해: 3,000만 원

결론: 등록 비추천 (단기 매도 계획 시)

유불리 판단 기준

등록 추천
✅ 공시가 수도권 9억, 비수도권 3억 이하
✅ 비조정지역 (또는 2018년 9월 13일 이전 취득)
✅ 10년 이상 장기 보유 계획
✅ 종부세 부담이 큰 다주택자
✅ 임대료 5% 증액 제한 감내 가능

등록 비추천
❌ 공시가 기준 초과
❌ 조정지역 (2018년 이후 취득)
❌ 5년 이내 매도 계획
❌ 임대료 시세 상승 예상 (5% 제한 부담)
❌ 자금 유동성 필요 (매도 제약 부담)

자주 묻는 질문 TOP 10

임대사업자 제도 안내 자료와 세무 전문가 의견을 종합하면, 다음 질문이 가장 많이 나옵니다.

Q1. 살던 집을 임대 등록해도 되나요?
네, 가능합니다. 거주하던 주택을 비우고 임대 등록할 수 있어요. 단, 1세대 1주택 비과세를 받으려면 2년 거주 요건을 먼저 채워야 합니다. 임대 등록 후 매도 시 거주 요건 충족 여부를 반드시 확인하세요.

Q2. 중간에 팔면 과태료 얼마인가요?
10년 의무기간 중 매도 시 과태료 최대 3,000만 원과 그동안 감면받은 종부세·재산세 전액 추징입니다. 추징 세액은 보통 수백만~수천만 원이므로, 총 부담은 최소 3천만 원 이상입니다.

Q3. 세무서 등록을 나중에 해도 되나요?
렌트홈 등록과 동시에 진행하는 게 좋습니다. 세무서 등록이 늦어지면 종부세 합산배제 신청이 늦어져 그 해 종부세를 합산 과세받을 수 있어요.

Q4. 임대주택이 여러 곳에 있으면?
각 주택 소재지 관할 세무서에 별도로 사업자 등록해야 합니다. 예: 서울 1채 + 경기 1채 → 서울세무서 + 경기세무서 각각 등록.

Q5. 공실 기간도 의무기간에 포함되나요?
네, 포함됩니다. 10년 의무기간은 '임대 개시일'부터 기산하므로, 중간에 공실이 있어도 10년은 계속 흘러갑니다.

Q6. 임대료를 5% 넘게 올리면?
과태료 최대 1,000만 원과 임대사업자 등록 취소, 종부세 합산배제 소급 취소입니다. 치명적인 패널티이므로 절대 위반하지 마세요.

Q7. 2026년 아파트 매입임대 부활 가능성은?
정부는 8·8 대책으로 LH 매입임대 11만 호를 공급한다고 발표했습니다. 민간 매입임대도 소형 아파트(85㎡ 이하) 중심으로 혜택 확대가 논의되고 있어요. 기획재정부 정책 동향을 주시하세요.

Q8. 조정지역이 해제되면 언제부터 등록 가능한가요?
해제 즉시 등록 가능합니다. 단, 종부세는 6월 1일 기준이므로, 5월 31일까지 등록을 완료해야 당해 년도 종부세부터 합산배제 혜택을 받을 수 있어요.

Q9. 부기등기 안 하면?
과태료 최대 500만 원입니다. 또한, 매수자에게 임대 의무가 공시되지 않아 나중에 분쟁이 생길 수 있어요. 반드시 부기등기하세요.

Q10. 등록 후 공시가가 9억 초과하면?
등록 당시 기준을 충족했다면, 등록 후 공시가 상승은 소급 적용 안 됩니다. 단, 초과한 해부터는 합산배제 혜택이 사라집니다.

마지막 체크리스트: 등록 전 필독

등록 전에 다음 항목을 꼭 확인하세요.

✅ 공시가 확인: 수도권 9억, 비수도권 3억 이하
✅ 조정지역 확인: 비조정지역 또는 2018년 9월 13일 이전 취득
✅ 10년 보유 계획: 단기 매도 계획 없음
✅ 임대료 5% 제한 감내: 시세 상승 제한 감수 가능
✅ 렌트홈 등록: 지자체 민간임대주택 등록 완료
✅ 세무서 등록: 관할 세무서 면세사업자 등록 완료
✅ 9월 16~30일: 종부세 합산배제 신고 (캘린더 저장)
✅ 부기등기: 등기소에서 부기등기 신청
✅ 표준임대차계약서: 렌트홈에서 다운로드 후 사용
✅ 매년 보고: 임대차계약 체결·변경 시 30일 내 렌트홈 등록

2026년, 임대사업자의 재평가

혜택은 줄고 의무만 늘어서 화나시죠? 많은 다주택자가 구청에 임대사업자 등록만 하고 세무서 사업자 등록을 안 해서 종부세 폭탄을 맞습니다. 이건 세무사도 가끔 놓치는 실수입니다. 그리고 10년 동안 못 파는 리스크와 종부세 절세액을 저울질해야 합니다. 임대사업자 등록증만 믿고 있다가, 세무서 사업자 등록 누락으로 수천만 원의 종부세 고지서를 받고 나서야 땅을 치고 후회하는 경우가 매년 발생합니다.

렌트홈(지자체) 등록 후 '사업자등록증 신청' 버튼을 누르지 않아 세무서 등록이 누락되는 실수가 가장 빈번합니다. 반드시 렌트홈 승인 문자를 받은 후 홈택스나 세무서 민원실을 통해 '면세사업자 등록'을 마쳐야만 종부세 합산배제 신청 자격이 완성됩니다. 주택 소재지가 서로 다른 세무서를 관할한다면 각 세무서에 사업자 등록을 별도로 해야 합니다. 서울 1채 + 경기 1채면 서울세무서 + 경기세무서 각각 등록하세요.

2025년부터 민간임대주택 종부세 합산배제 공시가격 요건이 완화됐습니다. 수도권 매입형이 6억 → 9억으로 상향되어, 더 많은 주택이 혜택을 받을 수 있게 됐습니다. 정부는 8·8 대책으로 LH 매입임대 11만 호를 공급한다고 발표했고, 민간 매입임대도 소형 아파트 중심으로 혜택 확대가 논의되고 있습니다. 2026년은 8년 만기 물량 약 60만 호가 시장에 풀리는 해입니다. 매도 가능 물량이 급증하면서 임대사업자 재등록 수요도 증가할 전망입니다.

주택임대사업자는 정부와 맺는 '10년 노예 계약'입니다. 혜택(세금 감면)과 의무(임대료 제한/기간 준수)의 무게를 냉정하게 비교해야 합니다. 10년 의무기간 중 매도 시 과태료 최대 3,000만 원과 그동안 감면받은 종부세·재산세 전액 추징입니다. 임대료 5% 증액 제한을 위반하면 과태료 1,000만 원과 임대사업자 등록 취소, 합산배제 소급 취소입니다. 등록하면 무조건 좋다? 의무 기간 위반 시 과태료와 감면 세액 추징이 더 무서울 수 있습니다.

합산배제 신청을 했더라도 추후 공시가 상승으로 기준 금액(9억/3억)을 초과하게 되면 소급하여 배제되는 것이 아니라 '그 해부터' 혜택이 사라진다는 점을 유의해야 합니다. 매년 9월 16~30일 종부세 합산배제 신고 기간을 놓치면 그 해 종부세는 합산 과세됩니다. 15일밖에 안 되니 캘린더에 저장하세요. 렌트홈에서 지금 바로 등록 가능 주택을 조회하고, 국세청 홈택스에서 세무서 사업자 등록을 완료하세요. 기획재정부에서 최신 정책 동향을 확인하세요.

공식 참고 링크 안내

렌트홈 국세청 홈택스 기획재정부 국세상담센터 126